אקולוגיה, תורת הסביבה יחסי הגומלין בין בעלי החיים השונים לבין סביבתם שונית האלמוגים הינה סביבת חיים מורכבת ומגוונת ביותר. זהו למעשה אחד המבנים הטבעיים הגדולים ביותר על פני כדור הארץ, שנוצרו ע"י יצורים חיים. אלמוגי אבן הנם המרכיב העיקרי של שונית האלמוגים היוצרים באמצעות שלדם את המבנה הגירני המורכב והסבוך של השונית. מלבד האלמוגים, חיים בצמידות לשונית, מינים רבים של בעלי חיים וצמחים המקיימים בניהם יחסי-גומלין שונים. בעלי החיים והצמחים מחלקים בניהם את מרחבי השונית ומתחרים על משאבים מוגבלים, כגון מזון ומקום. כתוצאה מכך, מתפתחות אסטרטגיות חיים מגוונות ויחסי-גומלין מורכבים. שונית האלמוגים נתונה במשך התפתחותה ללחצים והפרעות, צפויים ובלתי צפויים, הקשורים בסביבתה הביוטית (גורם סביבתי הקשור ביצורים חיים, לדוגמה, תחרות או טריפה) והאביוטית (גורם סביבתי שאינו קשור ביצורים חיים לדוגמא, גורם פיזיקאלי, כימי). בסביבה הביוטית שונית האלמוגים נחשפת ללחצי תחרות, מחלות וטריפה בקרב בעלי חיים המלווים אותה לאורך זמן בצפיפות זו או אחרת. לעומת זאת, הסביבה האביוטית מציגה בפני השונית הפרעות אקולוגיות ולחצים פיזיקאליים כגון: מפץ או פעילות גלים (נגרמים עקב מצב של גאות בים), סערות רבות עוצמה, "פריחת אצות" (נגרמת גם במצב של שפל), הצטברות משקעי סחף (סדימנטציה-חול, אבק) משטרי טמפרטורה קיצוניים, גאות ושפל (שפל חריג גורם למצב של "הלבנה", תמותה של פוליפים). על כל אלה נוספת פעילותו ומעורבותו של האדם הגורם הפרעות כגון: זיהומי נפט, זיהומים תעשייתיים (מפעל הפוספטים בתוך הנמל, כמויות אדירות של פוספטים מתרוממות באוויר בזמן טעינת הספינות ויורדות לים וכתוצאה מכך נוצרו אצות בכמות גדולה. והתרבו במקום קיפודי ים. הזרמת מי שופכין, בניית תחנות כוח, תיירות, חקלאות ימית (דגים שאינם שייכים למפרץ אילת) ועוד. מערכת החיים בים מדומה לשרשרת, חוליה תומכת בחוליה. העדרה של חוליה אחת מתוך השרשרת עלול לגרום לשיבוש המערכת כולה. הנזק יהיה ביחס ישיר לגודל ההפרעה והטבע יאזן או ישלים אבדות בכמות מוגבלת בלבד. לדוגמא: כוכבן הקוצני – בע"ח טורף אלמוגים. הכוכבן הקוצני פיתח צורות טריפה שאין דומה לה בעולם החי הוא שולף את חלקה הקדמי של קיבתו אל מחוץ לפיו, פורס אותה על רקמת האלמוג ומתחיל להפריש עליה מיצי עיכול. לאחר כמה שעות שואב הכוכבן אל קיבתו את רקמת האלמוג המעוכלת למחצה ומשאיר את השלד בערומו. הצדפות גורמות הנאה למתבונן בהן ולכן מהוות מזכרות. האויב הטבעי של הכוכבן, הוא חלזון שגדל בתוך צדף גדול שדומה לחצוצרה. הצדף עצמו נאסף על-ידי אספנים, או סתם אנשים למזכרת. עקב כך שפגענו בשרשרת מערכת החיים, הכוכבן התרבה. כיום, הימצאותו במים כה נדירה עד שאויבו יתרבה באין מפריע וגורם להרס מעורר דאגה בשונית.