צמחים בים אצות ים ערכם החיוני של צמחי המים הוא בכושרם לקיים את הפוטוסינתזה (פעולה כימית המתקיימת בצמחים, שעיקרה הפיכת חומר אי אורגני-מינרלים ומים, לחומר אורגני-פחמימות, בהשפעת האור, ובאמצעות הצבען כלורופיל), אותו תהליך כימי מופלא שבו הופכים, באמצעות אנרגיית השמש, חומרים מינרלים למזון אורגני, המפרנס את כל בעלי החיים. אגב כך, הופכים הצמחים את הפחמן הדו חמצני, הנפלט בנשימת בעלי החיים, לחמצן המומס במים ונצרך על ידי בעלי חיים ומשמש לתהליכי חמצון. הים מאוכלס בצמחים בעיקר בשכבת המים העליונה, המוארת באור השמש. רוב מאסת הצמחים בים שייכת לפלנקטון הצמחי (פיטופלנקטון) צמחים חד- תאיים ורב תאיים המרחפים בנפח המים, ומשמשים מזון לפלנקטון החי (זואופלנקטון). יצור המזון על-ידי צמחים קרוי ייצור ראשוני. המושג חד תאיים מכוון בעיקר ליצורים המורכבים מתא בודד, שאלפי מינים מהם נתגלו. סוג אחד של אצה חד-תאית, ממלאה תפקיד מכריע באקולוגיה של שונית האלמוגים. הן ידועות בשם שתפנית "זואוקסנתלות". אצה זו גדלה בתוך גופם של האלמוגים (פוליפ) ונהנית מחומרי הפסולת החנקנית והזרחנית שלהם, ותורמת לכלכלתם בהחזירה להם פחמימנים וחמצן הנוצרים בתהליך הפוטוסינתזה. כמה מיני אלמוגים אינם נזקקים כמעט למזון ממקור חיצוני. בנוסף מסייעות אצות אלה להרבדת הגיר באלמוג (השקעת גיר בשכבות). רוב הצמחים הם רב-תאיים עשויים רקמות של תאים צפופים, שלכל אחת מהן תפקיד מוגדר. האצות הרב תאיים מתחלקות לקבוצות מיוניות (מערכות, מחלקות, סדרות) הנבדלות זו מזו הן בצורת תאיהן ובמבנה רקמותיהן. מאוד משמעותי הוא הרכבם של הצבענים הקובעים את צבעי האצות. על כן, שמם: אצות כחוליות, חומיות, אדומיות, ירוקות וכו. אצות כחוליות: קבוצת יצורים קדומה שהופיעה על כדור הארץ לפני שלושה מיליארד שנה. בנוסף לכלורופיל צבען כחול. לרוב הן תא יחיד, מושבת תאים. אצות ירוקיות: האצות הירוקות כוללות אצות חד-תאיות ורב תאיות. בחוף מפרץ אילת קיימות עשרות מיני אצות ירוקיות. הופעתן לרוב עונתית. ישנם אצות על פני סלעים, בתוך מצע האבן ועל פני החול. ישנם זנים שגדלים במקומות שזיהום הים רב, או על פני שוניות שאלמוגיהן מתו. במקומות אלה היא יוצרת כיסוי צפוף ונרחב הדומה לכריות ירוקות. אצות חומיות: יוצרות שיחים מסועפים או משוטחים. להבדיל מהירוקות, שרובן גדלות במים מתוקים ואף ביבשה, החומיות נעדרות ממקורות מים יבשתיים. ניתן למצוא אותן בכל הימים. אצות חומיות נאחזות בעזרת מאחז דמוי שורש בקרקע הסלעית ובעומק של 10 מטרים ויותר, כשחלקו העליון מגיע עד לפני המים בפרשו עליהם את "עליהן" הרחבים כעלי דקל. יערות האצות סבוכים מאוד ומהווים בית גידול עשיר, המאוכלס בדגים, בסרטנים ויצורים אחרים, חלק מהאצות החומיות הן עונתיות וחלקן רב שנתיות, המוגבלות בעיקר למים רדודים. סוגים נוספים המופיעים בעקבות ההעשרה במזינים באביב המוקדם הם: אוזננית, שדומה למניפה, הגדלה על הסלעים, והטורבנית האילתית "שעליה" הקשיחים משולשים, היצע שלה זקוף ונוקשה, הנראה כאצטרובל מוארך או כמגדל קטן. ניתן למצוא אותם על השונית בכל עונות השנה. אצות אדומיות: אף על פי שכמה מהן לבנות או חומות, רוב האצות האדומיות ניכרות בגוונן האדמדם, הודות לצבענים מיוחדים שכל אחד מהם יכול לקלוט אור באורכי גל שונים הם מסוגלות לקלוט ביעילות גם את מרכיבי האור המעמיקים חדירתם למים- האור הכחול והירוק. על כן הן נפוצות גם בעומקים של 50-100 מ' ומסוגלות להתקיים במערות תת- מימיות. אצות אדומיות רבות ניחנו בכושר לצבור גיר בסופנות גופם. לאצות גירניות- קרומיות שונות יש תפקיד רב חשיבות בבנייתן של שוניות האלמוגים, בגלל יכולתן ללכד את חלקיקי השונית למאסה מוצקה. לאצות הגיר (האדומיות), יש תפקיד חשוב בקישור וליכוד גושי האבן והקונכיות למקשת אבן אחת וזהו צעד ראשון בבניין שונית. בעולם מגדלים ומפיקים מאצות אדומיות את האגר, המשמש למצעים לתרביות חיידקים ואת הקרגינאן, חומר גלם לייצור דברי מאפה. כמו כן, משמשות אצות אדומיות למאכל.